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《报告》指出，菲方军舰长期非法“坐滩”已严重损害仁爱礁珊瑚礁生态系统的多样性、稳定性和持续性：军舰非法“坐滩”过程对珊瑚礁生态系统造成致命性破坏，其长期“坐滩”又对周边区域珊瑚的生长与恢复产生了较大抑制性影响；非法“坐滩”军舰锈蚀破损导致的重金属析出及菲方生活垃圾与污水排放等对珊瑚的健康生长造成了长期性危害；菲渔船和非法“坐滩”军舰舰上人员在渔业活动中弃置的渔网渔线等对珊瑚礁生态系统健康造成了严重影响。

自然资源部南海生态中心主任李团结介绍说，25年来，非法“坐滩”军舰长期有人看守葡萄新京·最新，菲船舶、飞机定期为其补给物资。同时，舰上人员焚烧和弃置生产生活垃圾、排放污水；菲渔船和舰上人员频繁在仁爱礁海域开展渔业活动；菲非法运送建筑材料，不断对非法“坐滩”军舰进行加固、给船体涂刷油漆；2017年以后，菲在非法“坐滩”军舰甲板上不断搭建临时设施，约90%的甲板已被覆盖。目前，非法“坐滩”军舰船体已经破败不堪、锈迹斑斑，多处出现破损。

2024年4月~6月，自然资源部南海生态中心联合自然资源部南海发展研究院，采用卫星遥感和现场调查方式，对仁爱礁珊瑚礁生态系统状况进行了调查评估。该评估使用2011~2024年高分辨率卫星遥感影像反演了礁盘底质类型，计算了20米以浅礁盘面积和不同底质类型覆盖面积；沿礁盘周缘设置18个调查站位，开展了珊瑚群落、礁栖生物、生境和人类活动等4大类共75项要素的调查。

调查发现，仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降，非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显；非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚；潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧；礁区大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡葡萄新京·最新，非法“坐滩”军舰周边尤为严重；仁爱礁礁区海水中重金属、活性磷酸盐（以磷计）和油类含量明显高于历史记录；仁爱礁礁区散布有渔网等各类人为弃置物。

《报告》指出，非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚。在非法“坐滩”军舰西侧偏北约500米的向海坡区域（9°47.515′N，115°51.119′E），通过人工潜水方式发现，此处的槽沟中存在大量珊瑚礁碎块；在非法“坐滩”军舰西北侧约600米（9°47.675′N，115°51.132′E）处使用无人机俯视拍摄葡萄新京·最新，发现在非法“坐滩”军舰西北方向300米区域内遍布死亡的珊瑚；在非法“坐滩”军舰北侧约530米的礁坪区域（9°47.745′N，115°51.372′E），通过设备入水拍摄发现，此处也散布着死亡的珊瑚。

《报告》显示，仁爱礁潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧。比较相关调查站位数据，发现仁爱礁潟湖坡造礁石珊瑚覆盖率约为向海坡的28%。以距离较近的潟湖坡RA09和向海坡RA04站位为例，RA09站位存在大量死亡的造礁石珊瑚。RA09站位造礁石珊瑚种类数约为RA04站位的60%，造礁石珊瑚覆盖率仅为RA04站位的20%左右。

《报告》也显示，仁爱礁礁区的大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重。在礁区布设的所有13个生态站位均少见珊瑚礁生态系统中广泛分布的甲壳类、双壳类、腹足类等经济型生物，仅在距离非法“坐滩”军舰较远的RA13站位发现有甲壳类生物。从距离非法“坐滩”军舰较近的RA05、RA06站位分析看，上述经济型生物的栖息密度较其他站位要低。

《报告》显示，所有18个调查站位的海水样品均检出重金属汞、铜、锌和活性磷酸盐，平均含量分别为0.016微克/升、0.49微克/升、1.31微克/升、5.9微克/升（以磷计）；9个站位的表层海水样品检出了油类，最高达58.0微克/升，18个站位的平均含量为8.9微克/升。以上检测结果显著高于军舰非法“坐滩”前的相关历史文献记录。

报告还显示，在仁爱礁礁区散布有渔网等各类人为弃置物。除调查现场观察到有许多菲渔船持续在仁爱礁潟湖周边活动外，所有13个生态调查站位附近的水下或水面均发现有各类人为弃置物，包括渔网、渔线、特殊渔具以及麻绳、塑胶圈、铁饼、玻璃瓶、塑料瓶和木棍等等，一些弃置物有产自菲律宾的标识。特别是在非法“坐滩”军舰东侧海域还发现有一张高度约5米、长度约300米的弃置渔网，部分挂立在海中，部分覆盖、缠绕在珊瑚上，珊瑚大片死亡；在非法“坐滩”军舰北侧和东侧发现有悬浮在海面的浮筒2个，下方用绳索和铁块固定在礁盘上，固定处的珊瑚已全部死亡，此外东侧浮筒水下固定处附近珊瑚礁全部被破坏。

通过对仁爱礁周边海域1999年至2023年历史温度的回溯分析，结合美国国家海洋和大气管理局珊瑚白化模型判别标准，未发现近20余年来本区域存在大规模珊瑚白化事件；经查阅历史资料，1999年以来，仁爱礁无溢油、沉船事件记录，未受可对珊瑚礁造成破坏的热带气旋袭击。同时，本次现场调查亦未发现有大规模珊瑚白化和敌害生物暴发的痕迹。该区域珊瑚礁生态系统受损退化的主要因素是军舰非法“坐滩”及其相关联的人类活动。

军舰在“坐滩”过程中会对礁盘产生剧烈撞击、切割和摩擦，致使船舶搁浅轨迹区内珊瑚礁和大型底栖生物遭到毁灭性破坏，形成的大量珊瑚礁碎块在船体周边堆积，受海流和波浪作用，这些珊瑚礁碎块和碎屑又覆盖或掩埋了附近的珊瑚和底栖生物，另外，由于珊瑚礁碎块翻滚，又阻碍了珊瑚幼虫的附着和生长。这些因素叠加，抑制了非法“坐滩”军舰周边受影响区域珊瑚的生长与恢复，特别是受外力影响大的分枝状珊瑚生长。在受影响区域内，即使有新生少量珊瑚，也多为抗冲击、抗浪性好的小型团块状珊瑚。